Pejabat Pengelola Informasi dan Dokumentasi (PPID) adalah pejabat yang bertanggung jawab di bidang penyimpanan, pendokumentasian, penyediaan, dan/atau pelayanan informasi di badan publik (UU Nomor 14 Tahun 2008 BAB I Ketentuan Umum pasal 1 angka 9). Di Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga, PPID diangkat melalui SK Rektor dengan pelaksanaan visi, misi, tugas pokok dan fungsi yang mendukung tercapainya tata kelola perguruan tinggi yang baik (good university governance). Atasan PPID adalah Rektor. Ditunjuk sebagai PPID Utama adalah Wakil Rektor Bidang Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan dengan Tim Pertimbangan 1. Wakil Rektor Bidang Akademik dan Pengembangan Lembaga 2. Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan dan Kerjasama. PPID Pelaksana adalah 1. Kepala Biro Administrasi Akademik, Kemahasiswaan dan Kerjasama 2. Kepala Biro Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan. Tim Pendamping adalah Kepala dan Sekretaris Satuan Pengawas Internal. Selain itu dalam struktur PPID terdapat tiga Bidang yang meliputi Bidang Sistem Informasi, Bidang Penyelesaian Sengketa Informasi, dan Bidang Penyedia Data.